Через несколько лет после приключений "Избранных детей в цифровом мире", новая группа "Избранных детей" была призвана спасти цифровой мир. Злой правитель, известный как Кайзер Диджимон, или Император Диджимон, принуждает Диджимон к порабощению цифрового мира. Новая группа избранных детей, с помощью своего дигимона, затем начинает путешествие, чтобы остановить злого императора дигимона.