Цифровой мир находится в состоянии войны, когда злая армия Багры пытается собрать фрагменты кода Короны. Тот, кому удастся собрать все 108 фрагментов, станет королем цифрового мира. Злая группа дигимонов, известная как армия Багры, полна решимости заполучить корону Кодекса.
В Digimon Xros Wars играет Тайки Куду, любитель футбола, который всегда старается помочь тем, кто в этом нуждается. Когда однажды он встречается со своими друзьями Акари Хиномото и Зенджиру Цуруги, он слышит голос, зовущий о помощи. Расследуя ситуацию, он встречает дигимона по имени Шутмон, получившего тяжелые ранения в соседнем переулке. Используя силу странного устройства под названием Xros Loader, Тайки удается спасти жизнь Шутмону, но вместе с Акари и Зенджиру он втягивается в цифровой мир.
Тайки и его друзья, полные решимости не дать злой Багре пройти свой путь, присоединяются к Шутмону и другим местным дигимонам, чтобы сформировать свою собственную армию, известную как Xros Heart. Теперь Xros Heart должны бороться через цифровой мир, чтобы собрать фрагменты кода короны и победить армию Багры, но Тайки и его друзья - не единственные люди, попавшие в эту войну монстров...