73 год Космической Эры. Хоть и заключенно перемирие между Нейчуралами(Натуральные люди
или обычные люди) и
Координаторами, война казалось бы закончена, но напряжение не спешит
спадать, так как угроза "Голубого Космоса(организация пропогандирующая геноцид Координаторов)"
все еще велика. На конференции мира, представители ПЛАНТа Гильберт Дуллиндал и Орба
Кагали Юла обеспокоены опасностью от нового вооружения. Специальные войска альянса
атакуют базу ЗАФТа на которой происходила конференция. Вынужденные,
Аска Шин из ЗАФТа и Аслан Зара из Орба, отправляются в погоню на новом
космическом крейсере Минерва, за отступающими войсками альянса. Но как только
они настигают их, команда Минерва получает информацию, что куда более
страшная катастрофа случилась и новой войне между Нейчуралами и Координаторами
предстоит случится...