В 1014-ом году Регильдского века человечество, казалось бы, процветала после предыдущих столетий войны. Это связано с возможностью собирать энергию с помощью фотонных батарей и орбитального лифта, известного как Столичная башня, которая стала своеобразной религиозной иконой нового времени. Однако различные угрозы для Столичной башни потребовали создания академии, призванной обучать перспективных студентов обороне и ремонту башни, получившей название Capital Guard Academy (Академия Столичной гвардии).
Гундам G no Reconguista начинается с Беллри Зенама, студента Столичной академии гвардии, и его одноклассников, проходящих практические занятия по ремонту пуповины Центральной башни. К несчастью для них, на них нападает мобильный костюм, известный как "G-Self", пилотируемый женщиной-космическим пиратом Аидой. Хотя Беллри и его одноклассникам удалось захватить ее и мобильный костюм, вскоре после этого Академия Столичной гвардии также подверглась нападению, и они быстро ошеломлены. Осознавая, что для защиты своего дома им нужна сила G-Self, Беллри запрыгивает в кабину пилота и направляется в бой, пытаясь защитить своих друзей и свой дом.