В 101 году хиджры (101-й год календаря Advanced Generation) таинственное существо, известное только как "УЭ", или "неизвестный враг", атакует и уничтожает космическую колонию Ангелов. Это жестокое нападение становится печально известным как "День падения ангела" и знаменует собой начало человеческой войны за выживание.
Серия начинается в 108 году хиджры, когда УЭ атакуют космическую колонию Ован, где Флит Асуно живет со своей матерью. Мать Флита убита УЭ, и в ее вещах (в объекте под названием "Устройство АГЭ") он находит чертежи мощного оружия из прошлого - древней мессии под названием "Гундам".
На основе этих чертежей Флит в течение следующих нескольких лет изучает инженерные разработки на базе Земной федерации на территории космической колонии Нора и проектирует самолет AGE-1 Gundam. Семь лет спустя, в 115 г. н.э., Flit завершает Гундам, точно так же, как атака UE Норы. Флит и его родословная скоро начнут пилотировать AGE-1 для защиты человечества.