В 2065 году начнется очередное великое нападение на вторгшуюся расу фантомноподобных инопланетян. Доктор Аки Росс, блестящий молодой ученый, гонится за секретами захватчиков не только для того, чтобы спасти планету, но и для себя, после того, как ее тело заражено инопланетными частицами. Она объединяется с престижной военной эскадрильей Deep Eyes во главе со своим старым другом Грей Эдвардсом. Но поскольку Аки, ее наставник доктор Сид, и Грей работают над мирным концом, замышляющий генерал Хайн придумывает заговор по уничтожению инопланетян одним быстрым разрушительным ударом... даже если в процессе он уничтожит Землю.