В истории описываются события, происходившие за 7 лет до начала оригинальной Final Fantasy VII. История СОЛДАТа 1-го класса Зака (Zack Fair), который и является главным персонажем, плюс новые герои: Генезис (Genesis) и Анджил (Angea). В повествовании проясняются события, приведшие к завязке оригинального сюжета - история создания Сефирота, других СОЛДАТ, использования клеток Дженовы, и что на самом деле случилось в Нибельхельме.