Через два года после окончания Final Fantasy VII мир начинает вставать на ноги и работать над новым будущим. Тем не менее, существует новая угроза от новой болезни под названием Гео-стигма, и три мужчины, которые, кажется, ищут Енову. Облако и его друзья из оригинальной игры должны снова воссоединиться, чтобы противостоять новой угрозе.