Ученик средней школы Эмия Широ дважды сирота. Однажды сильный пожар, уничтоживший более ста домов, унес жизни его биологических родителей. Затем он был усыновлен человеком, который спас его от этого ада, человеком, который называл себя волшебником; однако, через несколько лет, этот человек тоже умер. У Широ остался дом, мечта стать супергероем, и некоторые крайне ограниченные знания о магии, искусство, тайно практикуемое магами по всему миру. Теперь, без его ведома, город, в котором он живет, город Фуюки, должен стать местом, где волхвы тайно будут вести большую войну, как человек, усыновивший его.
Для этой великой войны семь волхвов соберутся в Фуюки. Каждый маг становится Мастером, и каждый Мастер призывает Слугу, дух могущественного героя прошлого, который благодаря своим почти всемогущим силам в жизни и вере, которые люди вложили в них через времена, поднимается на более высокий уровень существования, вне времени. Вместе Учитель и Слуга сражаются против других команд за обладание Святым Граалем, реликвией, которая, как говорят, является всемогущей и исполняет любое желание, каким бы великим оно ни было. Однако, для того, чтобы Мастер и Слуга исполнили одно желание, все остальные команды должны быть побеждены, а Слуги противника уничтожены. Поэтому эту войну называют войной Святого Грааля. До сих пор война за Святой Грааль происходила четыре раза, а пятая вот-вот начнется.
Герой, которым был в жизни каждый Слуга, имеет славу, и как таковые их жизни хорошо известны. Зная истинное имя Слуги, ясно также знаешь его сильные и слабые стороны; поэтому принято, что каждая команда скрывает личность своего Слуги и пытается выяснить, кто из них другой. Чтобы лучше скрыть личность, Слуг обычно называют по их классам: Сабля, Арчер, Лансер, Райдер, Берсеркер, Кастер и Ассасин.
Однажды ночью Широ стал свидетелем драки между двумя слугами, Арчер и Лансер. Чтобы сохранить тайну войны, Лансер смертельно ранил его. Однако девушка, которая до сих пор была просто одноклассницей его и школьного кумира Тосаки Рина, спасает ему жизнь, изливая всю магическую энергию из кулона в сердце. Однако Лансер снова нападает на него, и на этот раз Рин не сможет его спасти. Как только он собирается умереть навсегда, он невольно вызывает Сэйбера, который быстро отвозит Лансера. Мощный пользователь меча обращается к Широ и спрашивает, является ли он ее хозяином, к его недоумению. Несмотря на то, что он всего лишь рядовой любитель, теперь ему приходится вести войну между могущественными и опытными магами, и у него есть люди, которых он знает, превратились во врагов.