Академия Цукимихара, технологический ад, маскирующийся под рай, представляет собой искусственную среднюю школу, которая служит местом проведения следующей войны за Священным Граалем. Созданная компьютером Клетки Луны, школа населена душами, проецируемыми Землей, которые имеют даже малейшую способность быть "Мастером". Из этих 256 душ 128 будут выбраны для участия в главном турнире и награждены Слугой. После того, как все магистры выбраны, Академия запускает очистку, ориентируясь на оставшиеся жизненные формы для ликвидации.
Пробудившись в луже собственной крови, Хакуно Кишинами отказывается умирать. Подпитываемый неизвестными чувствами ненависти, он клянется бороться за выживание. В борьбе за побег от неумолимого преследователя он находит малиновое лезвие, погруженное в землю, и, вытаскивая его, Хакуно вызывает своего собственного Слугу, Сейбера, который мгновенно уничтожает преследователя в шквале лепестков роз. Обладая вновь обретенной властью, Хакуно должен теперь начать свой путь к ядру Лунной клетки - Анжелике. Там он раскроет причину этого искусственного мира и откроет секреты своего кровопролитного прошлого.