Ноо, древний демон, проснувшийся через жадность гуманитарных наук, грозит уничтожить всех живущих во Вселенной. Капитан Харлок и его команда пиратов являются единственными капитанами, способными остановить эту опасность, даже если это означает борьбу как с Ноо, так и с правительством в одно и то же время.