Во втором сезоне история продолжается именно там, где она заканчивалась ранее. Ферментационный погреб и лаборатория профессора Ituki готовы к работе, и с уникальным даром Саваки Тадаясу видеть и общаться с микробами, чтобы помочь, разношерстная группа студентов Ituki начинает перерабатывать различные ферментированные продукты, такие как соевый соус и сакэ.