Маленький мальчик, Сускэ, подружился со странно выглядящей золотой рыбкой, которую он зовет Понио. Неизвестная Сосукэ, Понио - волшебная рыба, которая решила, что хочет жить с Сосукэ и другими людьми. К сожалению, решение Ponyo отказаться от своей подводной жизни создает трещину в древнем магическом заклинании и подвергает мир опасности. Вместе Сосуке и Понио должны все исправить.