В альтернативной действительности продолжается своя жизнь – здесь обитает Тома, спасший планету, но потерявший память. Одно что он хорошо помнил – это присутствие рядом странного создания, облаченного в белую одежду. Конечно, Индекс опять втянула парня в нелепую историю с запрещенными книгами, доблестными рыцарями, римскими священниками, японскими бунтарями. Также, Тома помнит о непрекращающемся невезении, тем временем, маги борются с экуменистами, а Мисаки с Акселератором никак не могут разобраться в собственных чувствах. Грядут кровавые битвы, что побудило союзы могучих эсперов зашевелиться…