Год - 4767-й Т.С.. Прошло четыре тысячи лет с тех пор, как человечество покинуло свое место рождения - планету Земля. Человечество, охваченное таинственным враждебным инопланетным гносом, пытается найти способы победить эту угрозу своему существованию. Одним из ответов на эту угрозу стала разработка инженером компании "Вектор" Шоном Узуки специализированного андроида KOS-MOS (Shion Uzuki), обладающего удивительными возможностями. Но когда их корабль разрушается гнозом, Шон и ее спутники оказываются втянутыми в битву без четких сторон....