В 2201 году, спустя год после того, как Ямато спас Землю от радиоактивного загрязнения, возникла новая угроза. Ямато совершает свой последний путь, чтобы спасти Землю от этой новой угрозы.
Земля почти оправилась от битвы с Гамилом, и реконструкция распространилась на другие планеты. Когда бывшие члены экипажа "Ямато" обнаруживают странное, искаженное сообщение, которое, кажется, исходит от белой кометы, направляющейся к Земле, они захватывают свою старую космическую крепость и начинают новое сражение.