Во время езды с Джеком Атласом и Вороной Хоганом, звездный дракон Юсусея Фуду захвачен Парадоксом, таинственным турбодуэристом из будущего, во время турботоплива и превращен в грешного монстра. С помощью малинового дракона Юусей бегает за парадоксом, когда входит во временной промежуток и попадает в прошлое. За это время парадоксные поединки против Джейдена Юки, который все еще способен использовать власть Юбеля и Верховного Короля. Однако к этому времени Парадокс захватил и Дракона Кибер-Энда, и Радужного Дракона, переполнив Джейдена. Он спасен благодаря Юсусую и малиновому дракону. Джейден сообщает Юсусею об истинных намерениях Парадокса. Украв различных монстров со временем и сделав их темными, он планирует убить Максимиллиона Пегаса, создателя Duel Monsters, не допуская создания игры и не допуская, чтобы события всех трех серий никогда не произошли.
Юсусей и Джейден соглашаются продолжить Парадокс, который ведет их в прошлое и вызывает встречу с королем Игр Юджи Муту. Однако к моменту прибытия Юусея и Джейдена Парадокс уже напал на свое время, предположительно убив дедушку Пегаса и Югия, а также украв Белого дракона с голубыми глазами и Черного дракона с красными глазами. Объяснив Юджи все, он соглашается сражаться с Юсусеем и Джейденом против Парадокса в поединке три на один, чтобы освободить захваченных монстров и спасти мир и само время, пока еще не стало слишком поздно.