Арагами снова возвращаются, чтобы разрушить город, и Центр управления землей должен остановить их. Отношения Фуджимия Момидзи и Кусанаги Мамору находятся на льду; остальная часть ПВРа пытается собрать все вместе, чтобы они могли эффективно уничтожить арагами. Таинственная девушка, претендующая на роль наполовину арагами, как Мамору, вызывает хаос и в ПВРе, и в Момидзи. Смогут ли они со временем собраться вместе?