После "второго пришествия", так же известного как "второй удар", всё что осталось от Японии это Токио-3, город, который постоянно атакуют огромные существа, цель которых уничтожить человечество и люди прозвали их Ангелами. Наш главный герой, Синдзи Икари, не видевший своего отца больше восьми лет получает от него звонок, чтобы он немедленно явился в штаб-квартиру корпорации НЕРВ (компания, единственной целью которой является борьба с ангелами), в Токио-3. И Синдзи является подходящим кандидатом для пилотирования их робота, созданного с целью борьбы с ангелами - Ева 01, его партнером будет пилот Ева 00, по имени Аянами Рей.